Située entre 1080 et 1340m d'altitude, Chapelle-des-Bois est la commune la plus au sud du département du Doubs, limitrophe du département du Jura et de la Suisse. Son activité économique repose essentiellement sur l'agriculture bio en élevage laitier (filière comté) et un tourisme hiver/été diffus sur toute la commune (environ 750 lits). Sous bien des aspects, ces deux activités sont largement en synergie.